旅途中的小智与皮卡丘一行，遇到了以水中小精灵表演闻名的玛利娜剧团的“洋美”。小智从能够和水系小精灵心意相通的“水之民”的子孙洋美口中得知，水之民建造的“海之神殿”中隐藏着被称为“海之王冠”的秘宝的传说。然而，人的眼睛似乎看不到神殿。
此时，意图夺取洋美手中小精灵蛋的“凡顿”来袭。在激烈的争夺中，小精灵蛋突然发出了强烈的光，随后称为“玛娜霏”的幻之宠物小精灵从小遥的手中诞生。玛娜霏手掌握着解答传说的神殿隐藏着的秘密的钥匙。
宠物小精灵护林员“杰基”的任务，是把玛娜霏安全地护送到神殿中。小智一行与杰基一起追着玛娜霏进行航海。
在途中，玛娜霏为了追回被风吹走的小遥的头巾而消失在海中。在寻找失踪的玛娜霏并来到了神殿中的小智等人面前出现的竟然是那个凡顿！他所盯上的是神殿中的水之民的秘宝。但是，在凡顿夺取秘宝的瞬间，从神殿的天井上流入大量的水，神殿冒着泡泡开始沉没。到底秘宝能不能取回来呢？小智，以及小遥和玛娜霏的命运又会怎样呢！？沧海之王子 玛娜霏，即将唤起奇迹……
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